外国人是真正从美洲商业中获益的人，因为外国人的走私不会受税收制约，而本国商人却受到税收制约。同时，西班牙政府发现，因为地方官员的纵容，根本无法禁止，甚至稍微控制走私活动。
商业特许权西班牙贸易排外政策的另一个缺陷就是，西班牙对竞争对手的贸易让步，也是战争胜利时对手赢得的战果。例如，1713年，大不列颠与西班牙签订了《乌德勒支条约》。
《乌德勒支条约》规定，英格兰人应享有将黑人奴隶输入西班牙殖民地的垄断权利，并享有每年向波多韦洛交易会运送一艘重达五百吨的货船的特权。英格兰商人充分利用了这一特权。
他们秘密地扩大这艘船的容量并配备运输船，白天将运输船藏起来，晚上则从运输船上补充欧洲商品。在波多韦洛，因为走私者和英格兰商人加入竞争，西班牙船队的生意锐减。最后，除了秘鲁矿场和墨西哥矿场出产的供奉国王的产品外，西班牙船队几乎没有任何可以运回欧洲的东西。
商业政策改革西班牙终于认识到，旨在建立繁荣殖民帝国的贸易限制只会扼杀西班牙企业，而非法所得却填满了外国人的口袋。18世纪，一种更自由的商业政策逐渐开始实行。西班牙商人获准经营独立于国家船队的商船。
1748年左右，西班牙彻底抛弃了国家船队系统。当时，船可以直接航行到普拉塔殖民地，并通过合恩角直接到达智利和秘鲁。随后，西印度群岛和太平洋沿岸的秘鲁、新西班牙、危地马拉和新格拉纳达之间的通商对所有西班牙人开放甚至取消了对塞维利亚、加的斯的贸易垄断。
西班牙所有重要的港口都获得了与殖民地进行贸易的权利，而且殖民地的布宣诺斯艾利斯、蒙得维的亚、瓦尔帕莱索、瓜亚基尔、卡塔赫纳和其他港口都获得了与西班牙直接贸易的权利。
这些自由贸易措施的推出主要归功于西班牙国王查理三世，极大地刺激了殖民地的贸易。不过，在西班牙美洲殖民地切断与宗主国的联系前，西班牙及其殖民地都没有充分体验到自由贸易的有利影响。
农业和畜牧业征服时代结束后，大部分西班牙殖民者成了种植园主和牧民。在殖民时代，人们主要从事农业和畜牧业。西班牙人种植印第安人早已熟悉的农作物，并引进了南欧的谷物、蔬菜和水果。
据说，西班牙人从旧大陆带来了至少一百七十种植物和动物，这些动物当时在新大陆尚不为人知。美洲的气候和土壤对欧洲家畜的繁衍非常有利。马、牛、羊和猪在平原迅速繁殖，畜牧业蓬勃发展。
牛肉非常便宜，人们只是为了得到皮和蹄子而屠宰牛。大宗农产品没有参与出口贸易，因为陆运昂贵或者船体积较小。贸易船队的货物大部分是糖、旋蓝染料、可可、香草、胭脂虫红染料、“耶稣会树皮”-奎宁、“巴拉圭茶"、生牛皮和原棉等大宗商品。
制造业因工资高、缺乏资本和信贷、缺乏熟练劳动力及无法获得比农业、畜牧业和采矿业更大的利润，殖民地的工业发展受阻，结果是殖民地没有大规模的制造业。
与法兰西和英格兰不同，西班牙似乎没有考虑过，为了给国内产业保留市场而严格限制殖民地的制造业发展。当然，尽管毫无成效，西班牙更期望殖民地发展纺纱、织布、糖的提炼等行业。
矿场对比投资与收益，最赚钱的生意是采矿，西班牙人一开始掠夺的是印第安人的金银。不过，征服墨西哥和秘鲁后，开发当地巨大矿产资源的大门很快打开了。1545年，玻利维亚的波托西发现了储量丰富的银矿后，白银产量大大超过了黄金产量。
没人知道整个殖民时代西班牙人从矿场开采了多少宝藏。随着采矿方法的进步和可开采矿场数目的不断增加，开采的矿藏数量似乎在不断增加。
19世纪初，每年的矿产总产量平均为四千三百五十万比索--西班牙元，大约是世界上其他地区已知产量的十倍。这是亚历山大·冯·洪堡的估计。鉴于他对拉丁美洲的了解和经验，这一估计是可信的。
王室税收美洲出产的大部分财富没有留在美洲。美洲殖民者除购买西班牙商人和走私者的制成品外，还要支付很大一笔钱给国王。西班牙国王享有“王室占五分之一”的权利--包括金银和宝石在内的所有矿产的五分之一。国王还享有印第安人的人头税。
人头税是对所有可以工作的印第安男性征收的税。作为教会的领袖，国王得到什一税，也就是农牧产品的十分之一。通过对买卖的某些物品征收销售税，对从西班牙进出口的货物征收关税，从国家垄断企业得到收益，如盐和烟草的收益，最后，通过出售公职获得收入，王室的收入进一步增加。即使是这份清单，也绝不能说清美洲殖民者向国王支付的款项。然而，西班牙美洲殖民地的税收负担似乎不比西班牙人更重。
18世纪下半叶，国王每年从殖民地获得九千万美元左右的收入，但这笔钱平均有五分之四用于支付西班牙美洲殖民地的开支。事实上，许多殖民地从来没有获得足够的收入以抵付当地的管理费用。
古巴和其他西印度岛屿、委内瑞拉、佛罗里达和路易斯安那的管理费用由新西班牙来补贴，而秘鲁则不得不补贴智利。如果没有矿产收入，西班牙可能无法维持征服者建立的殖民帝国。
西班牙宝藏根据重商主义理论，源源不断的财富流向西班牙应该会使这个国家变得非常繁荣。然而，实际结果恰恰相反。新的黄金白银使西班牙货币膨胀，物价异常上涨，这反过来又大大增加了生产商品的成本。
西班牙的生产成本那样高，超过了外国人将商品运到西班牙的成本。而且在支付西班牙要求的高额税费后，外国人仍可以以低于西班牙本土生产商的价格出售商品。财富的流入非但没有刺激西班牙的工业，反倒使人们越来越多地依赖外国商品满足需求。
事实上，西班牙的经济衰退可以追溯到新大陆的财富抵达西班牙海岸时。这些财富最后流向了荷兰和英格兰等。荷兰和英格兰能有效地利用流入的财富，为本国的工业、商业和农业发展提供资本。因此，西班牙就像一个巨大的筛子，美洲的金银通过这个筛子进入欧洲其他国家。
