在顶层设计和科研布局方面，如何优化国家科研机构、高水平研究型大学、科技领军企业定位和布局，是我们需要回答的关键问题。长期以来，我国国家科研机构、高水平研究型大学、科技领军企业等国家战略科技力量中的三类机构存在定位不清晰、布局不合理等问题，每一类机构都强调“全能”而不是与其他类型机构的“互补”，追求“包打天下”而不是“协调共赢”，遇到某一类项目指南发布时，三类机构一哄而上、“全面出击”“各自为战”，内耗严重、效率低下，影响了国家战略科技力量的整体功能和国家战略目标的实现。党的二十大报告提出优化这三类机构的定位与布局，是完善科技创新体制的重大部署。要落实这一部署，首先应系统研究国家科技发展对三类机构的战略需求、三类机构的自身特点等，做好顶层设计；其次按照“优化”的要求，推进三类机构的体制、机制改革，在纯基础研究、应用基础研究和技术开发及产业化方面的定位及支持方式应有明确区分，可通过立法和评估，使国家科研机构和高水平研究型大学聚集主责主业。
在创新环境建设方面，国际化科研环境建设不足是我国创新生态不够开放、全球竞争力不强、未能形成人才国际竞争的比较优势的重要原因。目前，我国科技界尚未全面建立国际顶尖人才的吸纳机制，各类机构热衷于对国内科技人才的争夺，以“高薪竞价”方式，“挖东墙补西墙”。并且，以“帽子”定义人才的现象仍然普遍存在，有悖“破四唯”的要求。按照二十大报告的部署，应以加快建设世界重要人才中心为目标，深入研究国际科研环境的特点、我国人才国际竞争比较优势的构建策略等，形成具有中国特色、世界水平的开放创新生态，广纳全球人才为我国高质量创新发展所用，扩大人才增量，促进人才存量的有序流动。
在基础研究方面，目前我国基础研究最主要的问题，是缺乏从0到1的原创性成果，低水平重复、同质化竞争及大量跟随性产出较多。对于如何实现突出原创，二十大报告提出了鼓励自由探索的重要路径。这一路径的第一关键词是探索，应建立激励科研人员探究真问题的体制、机制，以真正探索解决原创性问题为荣；另一个关键词是自由，应给予那些高水平基础研究人才研究空间、容错空间、财务空间，让他们的奇思妙想在自由中迸发。需要指出的是，自由探索的重点是“探索”，是以自由保障探索，而非缺乏组织、漫无目标地空想。在目前经费有限的情况下，缺少研究意义的“自由探索”是低水平重复的主要原因。应用类基础研究应以满足国家战略需求为目标，纯基础研究也应有方向管理。在机制上应“重定事、先定事”，在个别前沿领域也可“定人”与“定事”相结合。
在科技经费管理上，我国已经进行了很多有益的探索和改革。例如，2014年底开始的中央财政科技计划（专项、基金）管理改革取得了重要进展。但也暴露了一些新问题。从项目评审过程来看，对于编写项目指南等重要环节“用力”不够，主要精力放在了确定评审专家、评审流程等环节的“程序正确”上；在经费使用上，由于关联多个部门，各部门管理不一致，导致促进创新活力的政策不能完全落实。笔者认为，以激发创新活力为目标，深化财政科技经费分配使用机制改革，在“重定事、先定事”的同时，重点关注不同部门政策之间的“相洽”，充分发挥财政科技经费对创新活力的释放作用，大幅度提升财政经费的使用效率。
完善科技创新体制与机制的重大战略部署，是我国建设科技强国的关键一招，标志着新一轮深化科技体制改革的大幕正在拉开。
